Los reactores biológicos disponen de dos zonas diferenciadas:

• Zona Aerobia: es un selector biológico que permite el aumento del número de bacterias desfosfatantes con respecto a las demás.
• Zona Anóxica: en ella se produce la degradación del resto de materia nitrogenada, que en la fase aeróbica transformó los compuestos amoniacales en nitritos y nitratos y que vuelve por la recirculacion.
• Zona Aireada: en esta zona se produce la degradación de la materia orgánica carbonatada.