Todos los procesos que tienen lugar en las E.D.A.R. son controlados manual o automáticamente para garantizar el correcto funcionamiento de los mismos. Igualmente y de forma regular, se realizan los análisis necesarios en los laboratorios de las plantas depuradoras, que permiten asegurar la calidad de las aguas que son reintegradas a los ríos y mares. El control de las redes de transporte y regulación se efectua mediante sistemas de información a distancia que permiten interactuar remotamente a las plantas depuradoras con las principales instalaciones de la red (bombeos, aliviaderos, etc.).